言語上の性差 (gender) が語彙や文法に反映されることは広く知られているが，音韻論に反映される例は身近な言語には見られない．同じ音声でも韻律 (prosody) まで含めて考えれば，例えば日本語のイントネーションなどにおいて男女差がありそうに思われるが，音韻論についてはどうだろうか．
Trudgill (64, 67) は，世界の言語から，音韻論にみられる男女差の例をいくつか挙げている．米国北東部で話される先住民の言語 Gros Ventre （グロヴァントル）では，男性話者の口蓋化した歯閉鎖音系列が，女性話者の口蓋化した軟口蓋閉鎖音系列に対応するという．例えば，パンを表わすのに男性は /djatsa/ と発音し，女性は /kjatsa/ と発音する．
北東アジアで話される Yukaghir では，男性話者の /tj/, /dj/ は女性話者の /ts/, /dz/ にそれぞれ対応する．しかし，この分布は単に性差を反映しているだけでなく，年齢というパラメータにも対応している．子供は性別にかかわらず /ts/, /dz/ を用いるが，男性は成長すると /tj/, /dj/ へ切り替える．また，年配になると男女を問わず，口蓋化した /cj/, /jj/ を用いるようになる．したがって，一生の中で男性は2回，女性は1回，口蓋化 (palatalisation) の方向へ音韻論の切り替えを経験することになる．これは，「#1890. 歳とともに言葉遣いは変わる」 ([2014-06-30-1]) でみた age_grading の1例である．
米国 Louisiana 州で話される先住民の言語 Koasati について1930年代に行われた調査によれば，すでに消えかけていた現象ではあるが，一部の動詞の形態に，以下のような男女差が見られたという．
| male | felame | |
| 'He is saying' | /kɑːs/ | /kɑ̃/ |
| 'Don't lift it' | /lɑkɑučiːs/ | /lɑkɑučin/ |
| 'He is peeling it' | /mols/ | /mol/ |
| 'You are building a fire' | /oːsc/ | /oːst/ |
厳密には形態論上の男女差というべきかもしれないが，歴史的にはほぼ間違いなく音韻論上の対立だったろう．この種の男女差は，上述の Gros Ventre ほか，Yana や Sioux などの先住民の言語や，Baffin Island の Inuit にも見られる．
最後に，Darkhat Mongolian の例を挙げよう (Trudgill 68--69) ．以下の図に示したように，男性の用いる水色で表わされる4つの母音が，女性ではそれぞれ一段階前寄りとなり，赤で表わされる4つの母音に対応する．2つの中舌母音は男女ともに用いるものの，音韻体系上の位置づけは男女間で異なるという興味深い現象が見られる．
以上，言語上の性差が，語彙や文法に限らず音韻においてもみられる例を挙げた．
・ Trudgill, Peter. Sociolinguistics: An Introduction to Language and Society. 4th ed. London: Penguin, 2000.