これは私も初学者のときに疑問に思っていたような気がします．中高生に英語を教えている関係者にきいてみますと，よく出される「あるある」疑問だということで，今回の話題に取り上げようと思った次第です．s は名詞だと複数マーカーなのに，動詞だとむしろ単数マーカー．これは一体どうなっているのか，という質問は無理もありません．答えとしては，通時的に英語をみる英語史の立場からいえば完全なる偶然です．音声解説をお聴きください．
古英語にさかのぼると，名詞の複数形の s の起源として -as という語尾があったことが分かります．確かに s と複数性は結びついていたようにも見えますが，あくまで名詞全体の1/3程度の「男性強変化名詞」に限定しての結びつきです．その他の2/3の名詞は，実は複数形で s など取らなかったのです．つまり「s = 名詞複数」の発想は，現代英語ほど強くはありませんでした．しかし，中英語以降に，この2/3を占めていた非 s 複数名詞が，次々に s 複数へと乗り換えていったのです．結果として，現在では99%の名詞が s 複数を作るに至り，「s = 名詞複数」の関係が定着しました．この s 複数の歴史的拡大にはいろいろな原因があり本格的に論じたいのもやまやまですが（←私の博士論文のテーマなのです！），半分くらいは歴史的偶然であるということで議論を止めておきたいと思います．
一方，動詞の3単現の s についてですが，古英語や中英語ではそもそも s という語尾は一般的でなく，むしろ似て非なる子音 th をもつ -eth などが普通でした．この th が近代英語期にかけて s に置き換えられていきました．両音が音声的に近いからマージしたということでは決してなく，あくまで「置き換え」です．この変化の原因についても諸説ありますが，いずれにせよ，もともと th だったものが歴史の過程で半ば偶然に s に置換されたのです．それが現在の3単現の s となります．
ということで，名詞の複数形語尾の s も，動詞の3単現在語尾の s も，たまたま現代では一致しているだけで，歴史的にみれば起源が異なりますし，各々の事情で変化してきた結果にすぎません．顔は似ているけれども実は血縁関係にはない，という「あるある」なのです．
しかし，まったくの偶然ではないかもしれないという別の見方もあり得ます．「#1576. 初期近代英語の3複現の -s (3)」 ([2013-08-20-1]) の記事をどうぞ．これはこれで，なかなか鋭い視点です．
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