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慶應義塾大学理工学部生命情報学科の准教授、藤原のページです。
合成生物学×人工細胞工学により物質からの細胞創成を目指してます。
生命システムの試験管内再現を通し「生命とは何か?」の解明、
生命の設計図解読、生命を超える人工細胞の創成を目指しています。
News
2024年11月12日
濱野君や土居先生との共著論文がJBCに出ました。翻訳アレストペプチドをmRNA displayで取り新規モチーフに言及した論文です。
2024年11月11-12日
「細胞を創る」研究会17.0において、藤原が招待講演(ゲノム転写翻訳再構系で初講演)を、D3の田さんが口頭発表(セレクション)とポスター、M2の齋藤君、B4も目島君がポスター発表しました。
2024年10月9日
D3の田さん(corresponding author)渾身の総説がBPPBに出ました。人工細胞で細胞反応拡散波の形成原理を知ろう、という総説です。藤原もお手伝いしました。
2024年8月6日
佐藤岳君の公聴会が無事に終わりました!(いろんな意味で涙)
2024年6月25日
IUPAB2024において、D2の田さん、M2の齋藤君がポスター発表しました。田さんがIUPAB2024 Student and Early Career Researcher Poster Awardを受賞していました。13個目の賞です(学内合わせると17個…)。
2024年6月20日
博士号取得まであとちょっとの佐藤岳君(1st)とM1の宮沢君(2nd)の論文がMoleculesに掲載されました!G-PUREから一歩進めてsugar(今回はglucose)を利用したものです。リン酸の添加がG-PUREの倍必要になります。タンパク質合成量の向上が今後の鍵です。
2024年6月17-18日
第20回大腸菌研究会において、D4の佐藤君が口頭発表(招待)、M1の安藤君と宮沢君がポスター発表しました。佐藤君が最優秀口頭発表賞、宮沢君が優秀ポスター発表賞を受賞しました!
2024年6月12日
第24回日本蛋白質科学会年会において、M2の齋藤君がポスター発表しました。
2024年5月8日
博士号取得まであとちょっとの佐藤岳君の論文がACS Synthetic Biologyに掲載されました!量論的に釣り合う生命システム同士でも(今回は解糖系と転写翻訳系)、代謝綱引きにより共役初期条件が変わる、という論文です。蛍光センサーで東工大北口先生、金沢大新井先生、生化学シミュレーションで慶應の舟橋先生と山田先生(現UCSD)との共同研究です。代謝綱引き現象の理解までに8年費やしました。簡単にみえても難しい研究の良い例です。
2024年3月14-15日
第18回無細胞生命科学研究会にて、B4の安藤君が口頭発表を、B4の宮沢君がポスター発表を行いました。
2024年3月13-14日
第7回分子ロボティクス研究会にて、D2の田さんが口頭発表を、B4の大里さんがポスター発表を行いました。田さんが学生プレゼンテーション賞、大里さんが若手研究奨励賞を受賞しました!
2024年3月4日
新学術領域「生命の情報物理学」領域会議において、D2の田さんと藤原がポスター発表しました。田さんはポスター賞をまた受賞です(本領域3ネタ目)。
2023年 2月 9日
岡村君の修論発表が無事に終わりました。
2023年 2月 2日
B4の3人の卒論発表が無事に終わりました。
2023年12月7日
2022年度修士卒の西川さんの論文がAdvanced Scienceに掲載されました!小さな空間では界面の効果が顕著になること、平衡論で多分子の界面結合が競合することで生化学システムが正常に駆動できるかの閾値が決まる、ということを実験と理論の両面から示した感じです。Min波を動かすのにBSAが必要、というところから8年がかりの研究でした。東大の本田さん、柳澤さん、東北大の義永さん、慶應の堀さんらとの共同研究です。
2023年12月6日
第46回分子生物学会年会にて、D2の田さんが招待講演を行いました。
2023年11月14日
第61回生物物理学会年会にて、D2の田さんが若手招待講演シンポジウムにて招待講演を、卒業生の光山君が招待講演を、藤原がポスター発表を行いました。田さんは若手奨励賞とIUPAB student awardを受賞。まだ普通はD1の学年なので歴代最年少の若手奨励賞受賞ではないかと思われます。蛋白質科学会若手奨励賞優秀賞との学生の間の二冠もたぶん初です。12個目の受賞、おめでとうございます。
2023年 9月27-28日
第12回分子モーター研究会にて、D2の田さんが招待講演を、藤原がポスター発表を行いました。
2023年 9月25-26日
細胞を創る研究会16.0にて、M2の岡村君、M1の齋藤君、B4の宮沢君と安藤君がポスター発表をしました。
2023年 9月21-23日
超越分子領域の領域会議にて、藤原が口頭発表、D2の田さんがポスター発表しました。
2023年 9月16日
物理学会第78回年次大会にて、藤原が招待講演しました。Min波の空間サイズスケーリングの話です。
2023年 9月7日
日本遺伝学会第95回大会にて、藤原が招待講演しました。Min波だけでなくゲノム転写の話もしました。
2023年8月4日
柳澤先生(東京大学)との共同研究の論文がLangmuirに掲載されました。もともとは脂質の相分離を使って膜タンパク質濃度を上げよう、という企画だったのですが、よい理学の論文になりました。研究に使うタンパク質を用意した佐藤君はなにげに共著3報目(+1本投稿中)。筆頭著者のやつも頑張れ(投稿中)
2023年 8月3日
Statphys28 Satellite Meeting Biophysicsにおいて、藤原が招待講演しました。ここもMin波…。
2023年 7月21日
International workshop: Complex motile matter from single agents to collective behaviorsにおいて、藤原が招待講演しました。Min波の話です。
2023年 7月6日
第23回日本蛋白質科学会年会において、D1の田さんが若手奨励賞シンポジウムにて講演しました。若手奨励賞優秀賞を勝ち取ってます。10個目の受賞です。
2023年 6月30日
第75回細胞生物学会第大会のシンポジウム「生体分子の振動波を通して発掘する新しい細胞機能」において、藤原が招待講演しました。人工細胞内Min波の話です。
2023年 6月29日
第19回大腸菌研究会において、M1の齋藤君が口頭発表しました。バクテリア転写終結の再構成への大きな一歩の研究です。
2023年 3月28日
D1の田さんが慶應義塾大学理工学研究科の女性賞である米澤賞を受賞しました。そろそろ受賞数は両手で数える感じです。
2023年 3月6-7日
新学術領域「生命の情報物理学」において、D1の田さんと藤原がポスター発表しました。田さんは領域研究賞獲得、受賞講演をしました。さらにポスター賞(領域賞と別ネタ)とダブル受賞です。
2023年 2月 3日
B4の二人の卒論発表が無事に終わりました。
2023年 1月27日
試験管内でトランスクリプトームを創る研究が創発研究に採択されました。ゲノム転写翻訳関連で初めて予算がついたので頑張ります。
2022年12月16日
定量生物学の会第十回年会(広島大学)にてD1の田さんがポスター発表、藤原が招待講演しました。
2022年11月17日
第17回無細胞生命科学研究会(下呂)にてD3の佐藤君、D1の田さん、B4の齋藤君が口頭発表しました。
2022年10月17-18日
合成班の皆様が細胞を創る研究会でポスター発表しました。M1の岡村君とD1の田さんがポスター応募の中から選ばれ、口頭発表しました。
2022年10月12日
藤原がHiHA (広島大学健康長寿研究拠点)で招待講演(オンライン)しました。
2022年10月11日
D1になったばかりの田さん論文がACS Nanoに掲載されました。Min波がdATPでも発生すること、ATPの場合より波の時間的な周期が短いこと、ATPとdATPを混ぜると周期を簡単に制御できること、周期から逆にATPとdATP濃度を推定できることを示しています。2か月くらいでさっとやった割りに良い仕事になりました。田さんはまだあと2報このレベルのものが…
2022年 9月28日
修論終わったばかりの田さんが第60回生物物理学会でポスター発表しました。IUPAB student awardを受賞したようです。受賞5個目…。
2022年 9月26日
藤原が超越分子の領域会議で口頭発表(オンライン)しました。D2の佐藤君もポスター発表しました。
2022年 9月20日
D2の佐藤君とD1の松井さんがBiomembrane days 2022でポスター発表しました。
2022年 9月7?日
D1の松井さんがCSHL meeting Translatin controlでポスター発表しました。
2022年 8月15日
M2の高田さんが修論発表しました。1年半の修士の間に出した論文三報分の成果を詰めた中身の濃い発表でした。
2022年 7月13日
藤原がTARA Seminar理論合成インシリコ生物学セミナーで招待講演(オンライン)しました。
2022年 6月27日
第18回大腸菌研究会にてM2の高田さんが口頭発表しました。田さんが口頭発表優秀賞を受賞しました。4つ目…強い。
2022年 6月 9日
田さん(M2)の論文がScience Advancesに掲載されました。反応拡散波は極間振動と移動の2つのモードがあるのですが、Min波の人工細胞内再構成系を用いて2つのモードがActivatorとInhibitorのバランスで決定することを示しました。東北大の義永先生との共同研究です。田さんはこのレベルの論文があと2-3報控えております…まだM2のはじめなのに(恐るべし)。プレスリリースはこちら
2022年 5月16日
佐藤くん(D2)がオランダで開催されたSynCell2022でポスター発表しました。
2021年 4月15日
ニュートンプレスから藤原監訳の「合成生物学 人が多様な生物を生み出す未来」が出版されました。「Synthetic Biology 合成生物学」の新書版です。良い本です。表紙は中身と違わない?と出版社に尋ねたのですが雰囲気これが良いとのことでした。
2021年 3月12日
第15回無細胞生命科学研究会で松井さん(M2)が口頭発表しました。データで押し通す圧巻の内容です。
2022年 2月8日
M2の西川さんと松井さんの修論発表会が無事に終了しました。藤原が面倒見た中では歴代最高の修論発表をした2人です。
2022年 1月29日
Active Matter Workshop 2022にてM1の田さんが口頭発表しました。
2021年12月19日
PACIFICHEM2021にて藤原(contributed talk)とD2の佐藤君(selected talk)が口頭発表しました。
2021年12月17日
松井さんがiScience 2021のプロトコールをまとめた論文がSTAR protocolに掲載されました。リポソームでの浸透圧濃縮を試す方はこちらを。
2021年12月1-3日
第44回分子生物学会年会にて藤原(招待講演)とM2の松井さん、西川さんが口頭発表(selected)、M1の田さんがポスター発表しました。久しぶりの現地発表でした。
2021年11月25-26日
第59回生物物理学会年会にてM1の田さん、M2の松井さん、D2の佐藤君が口頭発表しました。田さんは学生発表賞を受賞しました。本年度3つ目、強い…
2021年11月 6日
第5回分子ロボティクス研究会年次大会にてM1の田さんが口頭発表(ポスターセレクション)し、若手賞を受賞しました。
2021年11月4-5日
細胞を創る研究会14.0にて、藤原とD2の佐藤くん、M2の松井さんがポスター発表しました。
2021年11月 2日
第20回関東ソフトマター研究会でM1の田さんが口頭発表しました。
2021年 9月13日
2018年度修士卒の出山君の論文がChem Communにアクセプトされました。人工細胞内で、大腸菌ゲノムを大腸菌抽出液で転写翻訳できることを示しました。細胞再構成まであと少し。論文のFigデータの1/3はM2の松井さんが取得してくれました。東工大の茶谷さん、立教大の関根先生のおかげでゲノムレポーター系を構築できました。
2021年 8月20日
第17回大腸菌研究会にてM2の松井さん、M1の高田さんが口頭発表、M2の西川さん、D1の佐藤君のポスター発表をしました。論文執筆中の4人です。松井さんと田さんが口頭発表賞(修士課程部門)、佐藤君がポスター発表賞(博士課程部門)を受賞しました。西川さんも惜しくも受賞は逃しましたが、分野とのマッチしづらい中で健闘でした。おめでとうございます。
2021年 7月13日
2016年度修士卒業の阿久井君の論文がiScienceにアクセプトされました。浸透圧でリポソーム内部の高分子を濃縮し、希釈によって機能を失っていた転写翻訳系をONにする研究です。東北大の野村先生と東工大の瀧ノ上先生との共同研究です。
2021年 6月18日
藤原が第21回日本蛋白質科学会年会に12年ぶりくらいに参加し、Min波関連の研究をまとめてポスター発表しました。
2021年 5月27日
藤原が大隅基礎科学創成財団 微生物CS グループ1 第5回定例会にて「人工細胞創成から見えたきた新しい生化学とその将来像」というタイトルで招待講演しました。
2021年 4月28日
2016年度修士卒業の上口君の論文がChemBioChemにアクセプトされました。カルシウムとPEG2000によってGUVの融合を誘発し、足りない要素を補うことで転写翻訳系をONにする研究です。
2021年 4月 5日
ニュートンプレスから藤原監訳の「Synthetic Biology 合成生物学」が出版されました。かなり訳に手を入れたので、専門的なところは大丈夫なはず。合成生物学の導入にとても良い本です。
2021年 3月23日
B4にしてM2以上の風格を見せる高田さんが慶應工学会賞(学業成績、人物ともに優れた学生に贈られる名誉ある賞[各学科1名以下])を受賞したようです。おめでとうございます。
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